El programa BAE, se implementa en 1996 en Costa Rica bajo los auspicios del Instituto Costarricense de turismo y el Instituto costarricense de acueductos y alcantarillados. Con ello  se inicia el trabajo con la única categoría de Bandera Azul Ecológica de playas y se va ampliando con el tiempo a otras muchas categorías  como centros educativos, municipalidades, hogares sostenibles, etc. siempre con implicaciones ecológicas.

Consiste en mantener nuestra playa con unos mínimos de calidad que la consideren dignas de su Bandera Azul Ecológica. Esto incluye limpieza, rotulación, análisis y control de aguas en la playa, canales, lagunas y pozos de agua potable. Además damos charlas ambientales para la comunidad en las que se explique la importancia del programa. Todo ello con el seguimiento y control del ICT y AyA de Costa Rica.